En revanche, lui-même ne supporte pas la critique et la liberté d’expression des autres. Il est à l’origine d’un nombre impressionnant de plaintes et de procès contre le moindre de ses contradicteurs. Un exemple parmi des dizaines.
En octobre 2006, Pascal Bruckner publie La tyrannie de la pénitence. Il évoque la note envoyée par Pascal Boniface au PS. En expliquant que beaucoup, en France à cette époque pratiquent « un antisémitisme par abstention au nom d’un souci louable d’équité et de tranquillité » Un peu plus loin, Pascal Bruckner rappelle que Pascal Boniface avait critiqué la déclaration de Lionel Jospin à Bir Zeit qualifiant le Hezbollah de « mouvement terroriste ». Et de commenter « le théorème Boniface est devenu en politologie une appellation pour qualifier les pratiques clientélistes ».
Pascal Boniface s’insurge et porte plainte pour diffamation. Il exige 10 000 euros de dommages et intérêts. 5000 euros au titre de l’article 700 (frais d’avocat). Ainsi que la publication de jugement dans Le Figaro, Le Monde et Libération. Le 27 septembre 2007, le Tribunal de Grande instance de Paris déboute Pascal Boniface. Mais surtout le condamne aux dépens, à 2000 euros, au titre de « plainte abusive ».
